Bernhard Ludwig Josef Hüffer war Kaufmann in Leipzig.
Hüffer gründete 1854 einen Kommissions- und Großhandel in Leipzig sowie 1860 eine Ziegelei. Außerdem kaufte er 1865 eine Spinnerei in Neukirchen bei Crimmitschau.
Im Jahr 1872 kaufte er das Gut Schleußig, um das weitgehend unbebaute, stadtnahe Gebiet als Bauland zu erschließen. Um die hochwassergefährdete und regelmäßig überflutete Ebene zu schützen, entwarf er 1873 einen Plan zur Regulierung der Weißen Elster, wonach Schleußig entlang seiner gesamten Ostgrenze durch einen Damm von der Elster-Pleiße-Aue getrennt wurde.
Im Jahr 1876 wurde ein Bebauungsplan genehmigt, in dem Hüffers Gutsbezirk Schleußig sowie das nördlich davon gelegene Areal (»Neuschleußig«) des Leipziger Unternehmers Dr. Carl Heine (1819–1888), das nur aus Wiesen und Feldern bestand, zur gemeinsamen stadtähnlichen Bebauung mit Wohnhäusern vorgesehen war.
Im Jahr 1895 verkaufte Hüffer das Gut Schleußig.
Am 18. November 1904 starb Bernhard Hüffer im Alter von 80 Jahren in Leipzig.
Seit 1935 trägt eine Straße im Leipziger Stadtteil Schleußig seinen Namen (Hüfferstraße).