Christian war ein Fürst aus dem Hause Wettin. Seit 1691 war er Landesherr über große Teile der heutigen Stadt Leipzig.
Christian war der älteste Sohn des Herzogs von Sachsen-Merseburg Christian (I., 1615–1691) und dessen Gattin Christiane (1634–1701), Prinzessin zu Holstein-Glücksburg.
Im Jahr 1679 heiratete er in Moritzburg Erdmuthe Dorothea (1661–1720), Prinzessin von Sachsen-Zeitz, mit der er sieben Kinder hatte.
Nach dem Tod seines Vaters im Jahr 1691 wurde Christian zweiter Herzog von Sachsen-Merseburg.
Nach seinem Tod im Jahr 1694 folgte ihm sein mittlerer Sohn (der ältere Sohn Christian Moritz, 1680–1694, war bereits gestorben) Moritz Wilhelm (1688–1731) auf dem Thron.