Die Nathanelkirche ist das Gotteshaus der evangelisch-lutherischen Nathanaelgemeinde Leipzig-Lindenau.
Sie befindet sich auf der Nordseite der Roßmarktstraße (ursprünglich »Roßstraße«) zwischen der Kreuzung mit der Rietschelstraße (ursprünglich »Am Roßmarkt«, später »Kirchstraße«) und der Einmündung der Nathanaelstraße (ursprünglich »Augustenstraße«, später »Burgauenstraße«) im Ortsteil Altlindenau. Die Kirche verfügt über 1 100 Plätze und hat einen 74 Meter hohen Turm.
Die Kirche wurde an der Stelle der 1878 abgebrochenen alten Lindenauer Dorfkirche zwischen 1881 und 1884 nach einem Entwurf der Architekten August Hartel (1844–1890) und Constantin Lipsius (1832–1894) im neogotischen Stil erbaut. Aus dieser Zeit stammen auch Altar, Kanzel, Taufstein und Lesepult sowie die Orgel der Kirche.
Von 1977 bis 1994 war die Nathanaelkirche aufgrund ihres schlechten baulichen Zustandes geschlossen.