Professor Dr. rer. nat. habil. Dr. h.c. Eberhard Zeidler war Mathematiker und Hochschullehrer in Leipzig.
Er studierte von 1959 bis 1961 und von 1964 bis 1967 an der Universität Leipzig. Im Jahr 1967 promovierte er bei Herbert Beckert (1920–2004) zum Dr. rer. nat.
Im Jahr 1970 habilitierte er sich und wurde zum Hochschuldozenten für Analysis an die Universität Leipzig berufen. Von 1974 bis 1996 war er hier ordentlicher Professor für Analysis.
Im Jahr 1994 wurde er Mitglied der Deutschen Akademie der Naturforscher »Leopoldina«.
Im Jahr 1996 wurde Zeidler erster geschäftsführender Direktor des neu gegründeten Max-Planck-Instituts für Mathematik in den Naturwissenschaften in Leipzig. Im Jahr 2003 gab er die Geschäftsführung ab, blieb aber Direktor.
Am 18. November 2016 starb Professor Dr. Eberhard Zeidler im Alter von 76 Jahren. Er wurde auf dem Friedhof Baalsdorf beigesetzt.