Die Emmauskirchgemeinde war von 1892 bis 2001 eine evangelisch-lutherische Gemeinde in Leipzig. Ihre Parochie erstreckte sich über den Stadtteil Sellerhausen.
Seit der Reformation war Sellerhausen nach Schönefeld gepfarrt. Nachdem die Bevölkerung in Sellerhausen im letzten Viertel des 19. Jahrhunderts stark gewachsen war und der Vorort zum 01.01.1890 in die Stadt Leipzig eingemeindet wurde, spaltete sich am 01.07.1892 eine eigene Sellerhäuser Kirchgemeinde von der Kirchgemeinde Schönefeld ab.
Nachdem die Gottesdienste zunächst in der Schule in der Portitzer Straße stattfanden, konnte am 25.03.1900 die Emmauskirche als eigenes Gotteshaus der Gemeinde geweiht werden.
Die Emmauskirchgemeinde gehörte zunächst zum Kirchenbezirk Leipzig-Stadt, von 1976 bis 1999 zum Kirchenbezirk Leipzig Ost und seit 2000 zum Kirchenbezirk Leipzig der evangelisch-lutherischen Landeskirche Sachsens.
Am 01.01.2002 vereinigte sich die Emmauskirchgemeinde mit der Volkmarsdorfer Lukaskirchgemeinde zur neuen Kirchgemeinde Sellerhausen-Volkmarsdorf.
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