Alle Fluren, Flur- und Grundstücke gehören zu historisch entstandenen Gemarkungen, die damit neben der künstlichen Kommunalen Gliederung, die das Territorium der Stadt willkürlich in Stadtbezirke und Ortsteile aufteilt, eine zweite territoriale Struktur bilden. Allerdings wurden Flurstücke mancher Gemarkungen, die nur zum Teil eingemeindet wurden, in andere Gemarkungen umgeflurt, so dass auch die Gemarkungen keine historisch konstanten Gebilde sind.
Das Gebiet der Stadt Leipzig umfasst heute folgende Gemarkungen:
Abtnaundorf | Althen | Anger | Baalsdorf | Böhlitz-Ehrenberg | Bösdorf1) | Breitenfeld | Burgaue1) | Burghausen | Connewitz | Crottendorf | Dölitz | Dösen | Engelsdorf | Eutritzsch | Flickert1) | Göbschelwitz | Gohlis | Gottscheina | Großmiltitz | Großwiederitzsch | Großzschocher | Gundorf | Hänichen | Hartmannsdorf | Heiterblick | Hirschfeld | Hohenheida | Holzhausen | Kleinmiltitz | Kleinpösna | Kleinwiederitzsch | Kleinzschocher | Knauthain | Knautkleeberg | Knautnaundorf | Lauer1) | Lausen | Leipzig | Leutzsch | Liebertwolkwitz | Lindenau | Lindenthal | Lößnig | Lützschena | Meusdorf | Mockau | Möckern | Mölkau | Neblitz1) | Neuschönefeld | Neustadt | Paunsdorf | Plagwitz | Plaußig | Portitz | Probstheida | Quasnitz | Rehbach | Reudnitz | Rückmarsdorf | Schleußig | Schönau | Schönefeld | Seehausen | Sellerhausen | Sommerfeld | Stahmeln | Stötteritz | Stünz | Thekla | Thonberg | Volkmarsdorf | Wahren | Windorf | Zuckelhausen | Zweinaundorf
Eine eindeutige territoriale Zuordnung der Gemarkungen zu ehemaligen Gemeinden oder heutigen Ortsteilen ist nicht möglich; oft ist aus heutiger Sicht aufgrund der Namen überhaupt kein Zusammenhang mehr erkennbar: so gehörte z.B. die Gemarkung Neblitz bis zur Eingemeindung nach Leipzig zur Gemeinde Hohenheida, seitdem aber zum Ortsteil Seehausen.