Das Grundstück Klostergasse 3 (früher: Klostergasse 16) gehörte bis zur Reformation vermutlich zum Gelände des Leipziger Augustiner-Chorherrenstifts St. Thomas.
Nach der Reformation kaufte der Leipziger Ratsherr Georg Scherl das Haus, in dem zeitweilig auch der Theologe und Reformator Dr. M. Luther (1483-1546) wohnte, und ließ im Jahr 1550 ein neues Bürgerhaus darauf errichten.
Im Jahr 1864 errichtete die Leipziger Bank auf dem Grundstück ein repräsentatives Gebäude im Stil der Früh-Renaissance, das sie selbst als Firmensitz nutzte.
Nach dem Zusammenbruch der Leipziger Bank erwarb im Jahr 1902 die Deutsche Bank Berlin das Grundstück aus der Konkursmasse.
Seit dem Jahr 1907 befand sich in dem Gebäude ein Kaffeehaus; seit 1911 die Gaststätte »Thomasbräu«. Im Jahr 1920 erwarb die Münchner Paulaner-Brauerei die Einrichtung, die sie seit 1929 unter dem Namen »Paulaner Thomasbräu« betrieb.
Im Jahr 1948 wurde die Gaststätte von der HO »Gastronom« Leipzig übernommen.
Am 12.12.1992 wurden die beiden Nachbarhäuser Klostergasse 3 und 5 (Kloster) nach gemeinsamer vollständiger Sanierung als Paulaner-Palais wieder eröffnet.
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