Anfang des 13. Jahrhunderts gründete der Markgraf von Meißen
Dietrich
(»der Bedrängte«, 1162–1221) in Leipzig ein Kloster und ein Hospital.
Am 20. März 1212 genehmigte der deutsche König und Kaiser des heiligen
römischen Reichs Otto IV. von Braunschweig (1177?–1218)
in Frankfurt/
Im Jahr 1213 trat der ehemalige Minnesänger Heinrich von Morungen (1150?–1222) in das Kloster ein. Er schenkte ihm eine aus Indien mitgebrachte Reliquie des Heiligen Thomas. Im gleichen Jahr übertrug Markgraf Dietrich das Stift den Augustiner-Chorherren und bestimmte als Stiftskirche die ältere Marktkirche, die entsprechend der neuen Reliquie offenbar den Kirchpatron wechselte und nun St. Thomas genannt wurde. Außerdem übertrug der Markgraf dem Augustiner-Chorherrenstift St. Thomas auch die Stadtkirche St. Nicolai, die Peterskapelle sowie großen Grundbesitz.
Es begann der Bau der Klosteranlagen auf einem Gelände, das sich nördlich der Thomaskirche in der westlichen Altstadt befand und wohl fast bis an das Gelände der alten Hauptburg (heutiger Matthäikirchhof) reichte.
Im Jahr 1214 zog der Propst der Chorherren Conrad, der zunächst noch im Hallenser Moritzstift lebte, nach Leipzig.
Die Stiftung des Klosters und dessen reiche Ausstattung waren Anlass für eine Fehde der Leipziger Bürger gegen den Markgrafen. Sie schlossen sich im Jahr 1215 einer älteren Verschwörung gegen den Markgrafen an, verbrannten zum Klosterbau gedachtes Material und vertrieben den Propst. Zu dieser Zeit war nur der Chor fertiggestellt.
Nachdem Kaiser Otto IV. im Jahr 1217 die markgräflichen Verfügungen noch einmal ausdrücklich bestätigte, beendete Markgraf Dietrich im Jahr 1217 den Leipziger Widerstand durch die Besetzung der Stadt, Abbruch der Stadtmauern und Errichtung dreier Zwingburgen gegen die Bürger. Am 7. Februar 1218 bestätigte auch der Papst Honorius III. (1150?–1227) die Stiftung und Ausstattung des Thomasklosters sowie die Stellung der Nikolaikirche unter das Kloster.
Im Jahr 1221, noch zu Lebzeiten des Markgrafs Dietrich, war der Klosterbau schließlich vollendet. – Aufgrund der großen Schwierigkeiten bei der Installation des Klosters scheint die Gründung der Thomasschule (und erst recht des Thomanerchors) schon im Jahre 1212 sehr unwahrscheinlich; zudem eine Schule überhaupt erst im Jahre 1254 urkundlich erwähnt wurde (vgl. auch meine Kritik 800 Jahre Thomana).
Im Jahr 1541 wurde das Augustiner-Chorherrenstift in Folge der Reformation säkularisiert. Die Stiftskirche St. Thomas wurde zur evangelischen Thomaskirche. Am 6. August 1543 kaufte die Stadt Leipzig das Thomaskloster. Die Klostergebäude wurden abgebrochen.