Die Johanniskirche (Johanniskirche)? war ein Gotteshaus östlich der Leipziger Altstadt. Sie befand sich auf dem Johannisplatz (Adresse: Johannisplatz 26) und war dem Apostel Johannes geweiht.
Die Kirche St. Johannis wurde im 14. Jahrhundert an Stelle einer älteren Kapelle des Johannishospitals errichtet. Nach einer Teilzerstörung im Jahr 1547 und dem späteren völligen Abbruch wurde sie von 1582 bis 1584 neu erbaut.
Der Turm wurde 1746/1749 nach einem Entwurf des Architekten George Werner (1682–1758) im Stil des Barock errichtet und erhielt 1779 durch den Kirchvorsteher Eberhard Heinrich Löhr (1725–1798) eine Schlaguhr. Im Jahr 1821 wurde der Turm vom Blitz getroffen.
Während der Völkerschlacht diente die Johanniskirche bis 1814 als Lazarett.
Im Jahr 1883 wurde vor der Johanniskirche das Reformationsdenkmal errichtet (inzwischen zerstört).
In den Jahren 1894 / 1897 wurde die Kirche abgebrochen (nur der barocke Turm blieb erhalten) und nach Plänen des Architekten Hugo Licht (1841–1923) im neobarocken Stil neu errichtet. Beim Abbruch der Südwand fand man 1894 die Gebeine des Thomaskantors Johann Sebastian Bach (1685–1750). Am 28. März 1897 wurde die Kirche wieder geweiht.
Im Jahr 1904 wurden die Gebeine J. S. Bachs und Christian Fürchtegott Gellerts (1715–1769) in Sarkophagen vor dem Altarraum beigesetzt.
Im zweiten Weltkrieg wurde die Johanniskirche stark beschädigt. Die Ruine des Kirchenschiffs wurde bereits am 19. Februar 1949 gesprengt; die Sprengung des Turms erfolgte erst am 9. Mai 1963. Seitdem ist der Johannisplatz nur eine Grünanlage.
Die Kirchgemeinde der Johanniskirche wurde mit der Gemeinde der Nikolaikirche verschmolzen.