Johann Carl Friedrich Dauthe war Architekt und Kupferstecher in Leipzig.
Er lernte an der Leipziger Kunstakademie, wo er als Schüler von Adam Friedrich Oeser (1717–1799) gilt. Im Jahr 1767 ließ er sich als Baumeister in Leipzig nieder.
Im Jahr 1770 wurde Dauthe von Oeser zum Zweiten Lehrer der Architektur an die Kunstakademie berufen; hier wirkte er bis 1781.
Sein erster größerer Auftrag als Baumeister war der Bau von Löhrs Haus in den Jahren 1770/1772. In der zweiten Hälfte der 1770er Jahre entwarf er den Granitsockel für das Königsdenkmal.
Seit 1778 war Dauthe Mitglied der Leipziger Freimauer-Loge Minerva zu den drei Palmen.
Im Jahr 1781 wurde Dauthe zum ersten Baudirektor der Stadt Leipzig ernannt. Im selben Jahr baute er über dem Tuchboden im Gewandhaus (Gewandgäßchen) einen Konzertsaal ein, der über eine sehr gute Akustik verfügte.
Im Jahr 1783 wurde nach seinem Entwurf das Kirchenschiff der Dorfkirche Paunsdorf (heute: Genezarethkirche) neu errichtet.
Auf Anregung des Bürgermeisters C. W. Müller (1728–1801) legte Dauthe ab 1784 auf dem Gelände vor dem Hallischen Zwinger den Englischen Park an, dessen Reste noch heute die Grünanlagen zwischen Richard-Wagner-Straße und Willy-Brandt-Platz sowie um den Schwanenteich bilden.
Zwischen 1784 und 1797 leitete er die Umgestaltung des Innenraumes der Nikolaikirche im frühklassizistischen Stil. In den Jahren 1787/1790 errichtete er die Universitäts-Sternwarte auf dem Turm der Pleißenburg.
Von 1796 bis 1804 wurde nach seinem Entwurf das Gebäude der (1.) Bürgerschule errichtet.
Von 1798 bis 1814 besaß Dauthe das Grundstück Roßplatz 5, auf dem sich früher der Zimmerhof des Rats, später aber das Panorama befand.
Johann Carl Friedrich Dauthe starb am 13. Juli 1816 im Alter von 69 Jahren.
Im Jahr 1907 wurden zwei Straßen im Leipziger Stadtteil Thonberg nach J. C. F. Dauthe benannt (Dauthestraße, Dautheweg).